溶解多肽是非常復(fù)雜的事情，一般很難一下子確定合適的溶劑。
通常是先取一點試驗，在沒有確定合適的溶劑前千萬不要全部溶解。
1.多肽溶解中的主要問題是二級結(jié)構(gòu)的形成。
雖然疏水肽鏈二級結(jié)構(gòu)的形成更明顯，但除了最短的肽鏈外，該現(xiàn)象發(fā)生在幾乎所有肽鏈，與極性無關(guān)。因此，溶解多肽的第一個原則是用無菌的蒸餾水或去離子水(如果條件允許則用無氧水)。
多肽溶液可能遇到細菌降解。為避免該現(xiàn)象的發(fā)生, 多肽應(yīng)溶解在無菌的蒸餾水中, 或者用0.45或0.2μm孔徑的濾膜過濾除菌。
包含Cys、Met、Trp的多肽特別容易氧化, 因此應(yīng)該溶于無氧的水中。無氧水可以通過注入惰性氣體(氮、氦、氬)減壓除氣得到。
2. 若多肽不溶于純水，超聲處理有助于打碎顆粒并增加溶解度。注意: 超聲處理會引起溶液發(fā)熱和多肽降解。
3. 若多肽中包含多個堿性氨基酸，使用（1-10%）的乙酸水溶液；對于疏水性非常強的多肽，則使用50%乙酸。
4. 若多肽中含有大量酸性氨基酸，可用氨溶液（1-10%）或乙酸乙基嗎啡或重碳酸鹽等揮發(fā)性的堿性緩沖液溶解。pH值在層析前必須調(diào)整。
5. 異丙醇和乙腈能溶解中等大小的肽。若肽要上柱，有機溶劑的量則必須很少，否則將嚴重影響停留時間。
6. 若多肽因為含有Val、Leu、Met、Phe、Tyr、Ala等芳烴側(cè)鏈而高度疏水，或為中性肽時, DMF或DMSO等膜變性劑的使用，有助于多肽的溶解。
a. 高濃度膜變性劑通過破壞多肽的二級結(jié)構(gòu)而助溶。
b. 膜變性劑適于多肽分析液的制備, 但可能會對其生物活性的研究工作造成干擾。
c. DMF是最佳變性劑(最高濃度可達30%), 滴加至多肽溶解。
d. 反相層析時, DMF將與洗脫液前峰一起流出, 依注入量的多少, 峰值可能很高。大多數(shù)肽能在大量DMF 流出后幾分鐘內(nèi)流出, 若肽鏈很小, 洗脫太早, 多肽的量將降低。
